Le village, situé dans la seigneurie de Valangin est connu dès le XIVème siècle. Il se trouvait sur la route de Neuchâtel en Franche-Comté par Le Locle. Des conditions spéciales furent accordées aux Colons qui vinrent défricher la Vallée. En 1363, Jean d'Arberg, Seigneur de Valangin, octroie diverses franchises aux habitants du Locle et de La Sagne, dans des limites données. D'autres franchises sont accordées aux francs-habergeants du Locle et de La Sagne en 1372 et le territoire sur lequel elles s'exerçaient pris le nom de "Clos de la Franchise", en fait les Montagnes neuchâteloises. Durant les guerres de Bourgogne en 1476, les gens du Locle et de La Sagne se placèrent sous la protection de Berne. La Sagne forma une mairie dès le XIVème siècle jusqu'en 1848; elle engloba de 1616 à 1656 une partie du territoire de La CHaux-de-Fonds. La plupart des familles de La Sagne acquirent, à partir de 1502, la bourgeoisie de Valangin. Elles se signalèrent par leur loyalisme vis-à-vis de l'ancien régime, notamment en 1831. Le mouvement royaliste de septembre 1856 partit de La Sagne.

Une chapelle Sainte-Catherine est mentionnée en 1351; elle dépendit du Locle jusqu'en 1499, époque où fut érigée la Paroisse. L'Eglise actuelle a été construite en 1526, sur un autre emplacement que la chapelle. Elle a donné naissance au hameau de Sagne-Eglise. 

Le Sagnard moyen ressemble finalement à la plupart des Neuchâtelois du Haut, hormis sa (fausse) réputation de royaliste qui lui colle à la peau.

Il est tout aussi bon républicain qu'il était bon et fidèle royaliste, mais il reste le ronchonneur-né qu'il a toujours été, quelque soit le régime.

L'appartenance au monde rural pour les uns et la proximité immédiate de la nature pour les autres font que les réactions ne sont pas nécessairement celles qu'on trouve chez les habitants des villes.

Pour s'intégrer à La Sagne, celui qui vient habiter au village doit faire le premier pas. Pour peu qu'il se "mouille", il est alors accueilli à bras ouverts par les "natifs" qui sont de moins en moins nombreux. Il deviendra alors petit à petit, lentement, un vrai Sagnard.

La Sagne a été (et est encore) le berceau d'une population de ressortissants très importante en nombre, comme en témoigne l'anecdote suivante.

En 1991, à l'occasion du 700ème anniversaire de la Confédération, les femmes suisses avaient proposé à toutes les communes d'organiser une "journée des ressortissants" en invitant ces derniers à visiter leur commune d'origine. Lors d'une rencontre du Conseil communal de La Chaux-de-Fonds avec celui de La Sagne, le président chaux-de-fonnier s'exclama : « Vous vous rendez compte ? La Chaux-de-Fonds, 36'000 habitants et 30'000 ressortissants ! » 
A quoi le président sagnard rétorqua : « Vous vous rendez compte ? La Sagne, 900 habitants et également 30'000 ressortissants ! » 

(texte tiré de la plaquette éditée à l'occasion du 500ème anniversaire de la Paroisse de La Sagne "La Sagne, de la Chapelle au Château des Amours - 1499-1999"